Story Mega Man Zero 3

Artwork zu Mega Man Zero 3 für den Game Boy Advance

Elpizo zerstörte das Siegel in Neo-Arcadia um die Macht der Dark Elf zu erlangen. Zero schaffte es Elpizo aufzuhalten, jedoch konnte die Dark Elf fliehen.

Einige Monate später empfing Ciel Energiespuren der Dark Elf. Zero und die Resistance Soldiers begleiteten sie und stießen auf ein abgestürztes Raumschiff. Zero traf auf Fefnir und Leviathan.

Beide kämpften chancenlos gegen den verbannten Reploid Omega. Nach dem Auftauchen von Harpuia beendete der ebenfalls verbannte Dr. Weil den Kampf.

Dr. Weil sucht nun ebenfalls die Dark Elf. An seiner Seite der mächtige Omega, der reaktivierte Copy X, sowie weitere "auferstandene" Reploids. Sein Ziel ist Neo-Arcadia. Dort möchte er entgegen seiner Verbannung wieder "anklopfen" und Ordnung ins Chaos bringen.