Im Jahre 20XX ist es Dr. Light und Dr. Wily gelungen, Roboter zu kreieren die in extremsten Gebieten eingesetzt werden können um Menschen gefährliche Arbeiten zu ersparen.
Doch Dr. Wily hegt fortan andere Pläne, denn er missbraucht sein Wissen um die Weltherrschaft an sich zu reißen. Er stößt allerdings auf unerwarteten Widerstand.

Dr. Light funktioniert seinen für die Laborhilfe gedachten Roboter Rock, in den Kampf-Roboter Mega Man um, welcher sich Wily und seinen Robot-Masters entgegenstellt.

Mega Man 3